INDICATII ale acestui domeniu clinic: orice patologie ce poate fi pusa in legatura cu intoxicatiile (excesul de medicamente, alcool si tutun, tulburarile provocate de alimente sau de toxicitatea din mediu, sensibilitatea chimica multipla, unele forme de autism si tulburari de comportament)

Una dintre cele mai importante dintre toate cele 500 de functii ale ficatului este biotransformarea substantelor toxice in molecule inerte. Caile de eliminare ale acestora sunt urina, bila si fecalele.
In diagnoza si terapie, medicina conventionala se concentreaza cu prioritate asupra patologiilor infectioase, proliferative si degenerative si a metodelor farmacologice si chirurgicale de tratament.

Ea tinde sa neglijeze functii esentiale cum ar fi detoxifierea, asupra careia medicina functionala se concentreaza prin identificarea programelor si terapiilor metabolice specifice ce au rolul de a asigura necesitatile personale, individuale de substraturi, co-factori enzimatici si nutrienti.  

Toxinele endogene si exogene cu molecula hidrofilica sunt eliminate in mod normal prin urina, fecale sau transpiratie. Cea mai mare parte dintre acestea sunt totusi lipofilice, iar ficatul are capacitatea de a le transforma in substante hidrofilice prin doua serii de reactii, faza I si faza II.